C.E(코즈믹 이러) 71년 6월 15일, 오브 연합 수장국의 오노고로
섬에서 지구연합의 권고를 거절한 오브 연합과 지구 연합 간의 전투가 벌어진다.
이때 피난선으로 가던 신 아스카는 단 한발의 포탄으로 가족을 모두 잃고
여동생 마유가 떨어뜨린 휴대 전화를 꽉 쥐며 자신의 무력함에 절망한다.
그 후, 지구 연합군과 자프트 군의 대전은 제２차 야킨두에어 공방전,
유니우스 7 조약 체결을 거치며 막을 내리게 되었다.
하지만 내츄럴과 코디네이터 간의 불신이 불식된 것은 아니었다.
그리고 2년 뒤, C.E.73년 10월 2일.
플랜트 최고 평의회 의장 길버트 듀랜달과의 비공식 회담을 위해,
신형 군함 미네르바의 진수식 준비를 하고 있는 L4 아모리원을 방문한
카가리 유라 아스하와 아스란 자라.
하지만 회담 도중, 누군가가 자프트군이 개발한 신형 MS(모빌 슈트) 카오스,
가이아, 어비스를 탈취하여 아머리 1 일대는 아수라장이 된다.
이를 저지하기 위해 미네르바에서 신형 임펄스(impulse)가 출격.
그 파일럿은 플랜트로 건너가 자프트군에 입대한 신 아스카였다.
신형 기체를 강탈한 수수께끼의 부대를 쫓아, 미네르바는 카가리와 아스란을 태우고 출격한다.
하지만 그러한 가운데, 안정 궤도에 있어야 할 유니우스 7이 지구로 낙하하기 시작했다는 보고가 들어온다.
그것은 내츄럴에 대한 증오를 계속 불태워오던 자프트군 탈주병들의 소행이었다.
그리고 이 사건을 이용하려는 무리(로고스)도 움직이기 시작하며 세계는 다시 혼란과 전화에 싸이기 시작한다.