평소 사람보다는 식물을 좋아하고 마음이 상냥한 여성스러운 면을 가지고 있던
소년 아사라기 하즈무는 음악실에서 우연히 소녀 카미이즈미 야스나의 음악을 듣고
그녀에게 반하게 된다. 첫 부분에서도 나오듯 두 사람은 우연한 계기로 서로 만나고
친해지지만 우유부단하고 소심한 하즈무는 고백을 못하고 고민한다. 그런 그에게
친구 소로 아스타와 소꿉친구 쿠루스 토마리는 고백을 하라고 충고하고 하즈무는
그 말을 따르지만 결국 차이게 된다. 하즈무는 마음을 정리하기 위해 산에 오르지만
그곳에서 인간의 감정을 연구하기위해 찾아온 우주인에 의해 여성으로 변하게 된다.
그런데, 여성으로 변한 하즈무에게 야스나가 갑자기 적극적으로 다가오기 시작하고
이에따라 원래 하즈무를 좋아했던 소꿉친구 토마리도 이 연애관계에 발을 들이게 된다.
그러면서 백합 삼각관계가 시작되는데...