황력 2017년(혁명력 228년)
황위계승권을 박탈당한 소년 를르슈가 가면의 남자 [제로]가 되어
모국인 초대국 신성 브리타니아 제국에 대규모 반항활동
[블랙 리벨리온] 을 일으키고 있었다.
반브리타니아의 기운이 높아지는 가운데
브리타니아 제국은 압도적인 전력으로 이를 제압한다.

때를 같이한 유럽.
여기서도 압도적인 무력으로 침공하는 브리타니아 제국에게
유로피아 연합(EU)은 방어선을 서서히 물리고 있었다.
패전의 기색이 짙은 EU군에 특별히 편성된
특수부대 [W-0]에 소속된 파일럿 휴가 아키토.
전 브리타니아 귀족인 소녀 레일라 말칼을 사령관으로 앉힌 와이번 부대는
EU인의 백업과 일본인 소년소녀만으로 구성된 나이트메어 부대로서
생환확률이 너무나도 적은 무모한 작전에 투입된다.

처참한 과거를 지니고, 너무나도 가혹한 상황에 처한 소년들은
자신들이 돌아가야 할 [집] 을 만들고 지키기 위해서
어른들의 사회를 향한 싸움을 개시한다.