1년 내내 지지 않던 마법의 벚나무가 지고 3년.
네무는 간호학교로 연수를 떠났고 사쿠라는 미국으로 돌아갔다.
그리고 친구들의 도움을 받으며 하루하루 즐겁게 살아가는 준이치. 폭우가 쏟아지는 어느 여름날 준이치의 집에 아이시아라는 소녀가 찾아온다.
마법수행을 위해 할머니의 친구였던 요시노 할머니를 찾아왔다고 말했지만 요시노 할머니는 이미 고인이 된 상태고 사쿠라 역시 미국에 돌아간 상태.
결국 실망하고 혼자서 마법수행을 하고 친구들을 만나며 아이시아는 어느샌가 하츠네지마에 동화되어 간다.
어느날 지지 않는 벚나무의 이야기를 듣게 된 아이시아는 그 벚나무를 되살리고자 하는데...