마술사의 명문으로 토오사카 가에 자란 린은 돌아가신 아버지의 마음과 함께 아처의 서번트를 소환해 성배 전쟁에 참가하지만
그 때, 그녀는 같은 고등 학교에 다니는 에미야 시로가 싸움에 휘말린 것을 깨닫는 뜻밖의 상황에 죽은 그를 도와 버린다.
이윽고 그는 세이버의 서번트를 소환한 시로와 함께 성배 전쟁에 짜여진 큰 음모를 쳐부술 수 있도록 싸우게 한다.
그리고 이야기는 그런 시로의 마술에 숨겨진 수수께끼와 막무가내로 "정의의 편"을 목표로 하는 그의 성질의 진가를 묻는 것으로 발전하는 이야기다.