갑자기 도쿄에 출현한 수수께끼의 불가침 영역 '헬즈 게이트'.
그것과 함께 온 세상에서 발견된 '계약자'라고 불리는 특수 능력자들.
또 '계약자'를 이용해 게이트의 비밀을 얻으려고 하는 각국의 첩보 기관이 도쿄에 보낸 에이전트.
그리고 그 싸움의 끝에 일어난 미지의 재앙 '도쿄 익스플로전'.
그리고 2년 후, 겨울의 러시아를 무대로 새로운 이야기가 시작된다.