에우레카가 만들어낸 스카브 코랄 안의 가상 세계.
그 붕괴와 함께 가상세계 사람들이 이 지구에 모습을 보여 10년이 지났다. 이 '대융합'의 결과 가상 세계 인류는 '그린 어스'를, 기존의의 지구 인류는 '블루 어스'를 자칭해 수면 아래에서 다양한 충돌을 반복하게 되었다. 그리고 그린 어스군의 고관 듀이 노바크는 자신들의 존엄을 지키기 위해 동료들과 함께 결기해 대규모 테러 계획을 마침내 실행으로 옮긴다.

혼란의 원흉으로서 전세계에서 미워하는 에우레카는 유엔의 독립 사단 무임소 부대 A.C.I.D(아시드)의 상급 전투원이 되고 있었다. 이 세상을 평화롭게 지키기 위해 살아라. 그것이 유레카가 선택한 속죄의 길이었다. 그런 에우레카에게 스카브 코럴을 조종하는 능력을 가진 새로운 "EUREKA" 소녀 아이리스를 보호하는 명령이 내려간다. 처음에는 대립할 뿐이었던 두 사람은 외로운 도피행을 통해 점차 서로를 이해해 나간다. 그리고 세계가 위기에 직면했을 때 에우레카는 극한까지 스스로의 힘을 휘두르며 싸운다. 「아이리스와 이 세계를 지키고 싶다」. 에우레카의 소원의 끝에 기다리는 미래는...